Завоевав право на повышение в классе за несколько туров до окончания чемпионата во второй лиге группы «А», черниговская «Десна» спустя 7 лет вернулась в первую лигу. Возвращение нельзя было назвать успешным: лишь один раз «Десне» довелось попасть в первую десятку клубов первенства, всё остальное время она находилась в числе претендентов на вылет. На зимний перерыв черниговцы ушли в ранге 13-ой команды первой лиги, набрав одинаковое количество турнирных баллов с «ФК Львов» и «ЦСКА», а завершили сезон 2006/07 на 14-ом месте. Но стоит отметить, что команда Александра Томаха всегда радовала болельщиков результативным футболом: на счету черниговских футболистов 51 гол. В 16-ом чемпионате только три коллектива, «Нефтяник-Укрнефть», «Динамо-2» и наша команда, сумели забить больше мячей. Но вместе с тем, «Десна» пропустила в свои ворота неприлично много — 58 мячей, уступив сомнительный титул «худшая оборона» только вылетевшему хмельницкому «Подолью» (у которого 63 пропущенных мяча). В 17-ый чемпионат команда вступила под руководством нового наставника. На эту должность президент клуба Иван Чаус назначил 46-летнего специалиста Сергея Кучеренко, последним местом работы которого был ивано-франковский «Спартак». Перед началом первенства новый главный тренер отметил, что, безусловно, команду пополнят новые исполнители, но разрушать тот коллектив, который сложился до его прихода, он не собирается. Этот сезон «Десна» начала без Сергея Алаева, Вадима Антипова, Александра Зарицкого, Якова Крипака, Артёма Коледы, Юрия Панькива, Сергея Чёрного, Максима Ярошенко, Александра Яловца. Александр Полуницкий сменил футболку черниговского клуба на форму алчевской «Стали». Распавшийся ивано-франковский «Спартак» передал в наследство «Десне» не только тренера, но и нескольких футболистов. Именно из Ивано-Франковска в Чернигов перебрались Богдан Кобец, Владимир Постолатьев и Юрий Никитенко. В период межсезонья «Десну» также пополнили Максим Боровков, Артём Антонов, Тимур Рустамов, Игорь Корж, Сергей Кучеренко (сын главного тренера), Андрей Панчук, Ярослав Сердюк, Валерий Чёрный. По ходу чемпионата состав дополнили Игорь Покаринин и Валерий Соколенко. А 21 сентября был дозаявлен Анатолий Маткевич, известный крымским болельщикам по выступлениям за нашу «Крымтеплицу». Этот сезон «Десна», долгое время находившаяся в числе аутсайдеров первой лиги прошлого сезона, проводит на удивление удачно. В первом туре 17-го чемпионата только команде Сергея Кучеренко из всех клубов-участников удалось взять три очка на выезде. По прошествии пяти стартовых туров коуч черниговского коллектива говорил о том, что «перед командой пока не стоят высокие задачи. По итогам сезона мы должны занять место в первой десятке. В коллектив вместе со мной пришли новые футболисты и нужно время, чтобы появились сыгранность и взаимопонимание». Но вскоре ситуация кардинально поменялась. 3 сентября состоялось официальное вступление на пост президента клуба Алексея Савченко. Также у «Десны» появился генеральный спонсор и новый план развития. В тот же день, благодаря победе над столичными армейцами, «Десна» впервые в истории возглавила турнирную таблицу первой лиги. Команда одержала в этом чемпионате уже 18 побед, из них на выезде – 7 раз, потерпела 10 поражений, причем 5 раз дома: с «Волынью», «Ильичевцем», «Оболонью», «Александрией» и алчевской «Сталью». Бомбардиры команды в этом сезоне – Владимир Постолатьев (8 мячей) и Сергей Кучеренко (7 мячей). История встреч с «КТ»
В первом матче 16-го чемпионата «Крымтеплица» встречалась с «Десной» в Чернигове. Тогда за три минуты до окончания основного времени игры Анатолий Маткевич точным ударом сравнял счёт и спас свою команду от поражения. В ответном поединке, состоявшемся 5 апреля 2007 в Аграрном, «тепличники» одержали минимальную победу (гол на счету Романа Свинцицкого). В нынешнем чемпионате тепличники дома потерпели досадное поражение: на 16-ой минуте игры Кучеренко кинул мяч за «шиворот» Венчаку, но во втором тайме Саванчук с пенальти сравнял счет, и когда, казалось, игра полностью перешла под контроль хозяев, Батраченко срезал мяч в собственные ворота. В итоге, 1:2 в пользу гостей.